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📍 INRAE, Site de Theix, 6312 Saint-Genès Champanelle

Conception et mise en place d’une infrastructure de données spatiales (IDS) pour la gestion et le traitement de données sur le risque de piqûre de tiques

Durée du stage : 5 à 6 mois
Stage de fin d’étude en Master 2 géomatique ou informatique

 

Contexte du stage

Les tiques vivent dans les milieux naturels partagés par l’homme, les animaux. Ce sont des vecteurs potentiels de maladies, comme la borréliose de Lyme, transmis par la tique Ixodes ricinus. En 2019, l’incidence estimée de la borréliose de Lyme est de 50 000 cas en France dans la population générale. Le risque d’infection de l’homme par un agent infectieux transmis par une tique dépend de :

  1. l’aléa défini comme la présence ou l’abondance de la tique I. ricinus dans l’environnement où la bactérie est présente ;
  2. l’exposition humaine qui représente l’intensité des contacts de l’homme avec la tique infectée, compte tenu de ses activités ;
  3. la susceptibilité de l’hôte face à l’agent pathogène.

L’UMR EPIA travaille d’une part sur la cartographie des conditions favorables à la présence de la tique I. ricinus (projet Cartotique) et d’autre part sur l’exposition humaine aux piqûres de tiques (projet Freqrando), notamment les randonneurs.

L’UMR Territoires, spécialisée dans les méthodes sur l’étude des représentations à travers l’information spatiale et géographique, apporte ses compétences en sciences Humaines et sociales sur la compréhension du risque tique par les populations.

Les deux unités ont collaboré dans le projet TELETIQ (Intérêt des données de TELEphonie mobile et de sciences participatives pour l’estimation et la compréhension du risque de transmission de maladies liées à l’environnement. Application aux maladies transmises). Elles travaillent également dans un contexte de sciences participatives ce qui permet d’acquérir de nombreuses données, dont il faut gérer le flux continu. Il est nécessaire d’en assurer la réception, le stockage, l’analyse voire la synthèse, mais également la restitution. Il est indispensable de partager les résultats des enquêtes et des modèles réalisés en assurant une diffusion auprès de différents publics (personnes enquêtées, financeurs, autres unités…) via des cartes en ligne (web-sig). Les projets de l’UMR Territoires et l’UMR EPIA mobilisent les Systèmes d’Information Géographique (SIG), de nombreuses sources de données spatiales et des référentiels externes. Elles ont des besoins en représentation cartographique des données et de leur traitement.

L’objectif du stage est de concevoir et de mettre en place une infrastructure de données spatiales (IDS) prenant en compte la gestion, le traitement et la visualisation des données spatiales utilisées dans le projet sur le risque de piqûres de tiques sur une population à risque les randonneurs.

Déroulement du stage

L’objectif est de formaliser et automatiser la chaine de production et de traitement des données géographiques, notamment les tâches récurrentes, et faciliter leur partage et leur diffusion. L’étudiant aura en charge :

  • l’identification et la formalisation des besoins pour l’IDS
  • la proposition de préconisations techniques et leurs validations avec les responsables
  • la mise en place des outils de l’IDS et le déploiement sur les serveurs des unités
  • le développement  de  scripts  d’automatisation  de  tâches  (gestion  de  données  primaires, intégration dans les bases de données, traitement Qgis/ArcGis, diffusion)
  • la formation des utilisateurs et la rédaction d’une documentation

Le stage s’appuiera sur les résultats du projet TELETIQ. L’IDS sera appliqué au projet FreqRando qui a pour but de connaître la fréquentation humaine des sentiers de randonnée en France afin d’estimer l’exposition humaine aux piqûres de tiques. Un questionnaire recueille les randonnées (.gpx), et une base de données sous PostgreSQL PostGIS centralise les informations.

Les résultats attendus sont une IDS opérationnelle comprenant une documentation pour sa prise en main.

Profil recherché

  • Etudiant en Master 2 en géomatique ou en informatique

Compétences en informatique recherchées

  • Systèmes d’information géographiques (Openlayers, ArcGis, …)
  • SGBD (Postgre/Postgis)
  • Serveur geo (geoserver, qgis server)
  • Programmation Web (HTML5, PHP, Ajax, ….)
  • Programmation Python
  • Des notions d’administration système seront appréciées

Autres compétences

  • Capacité à travailler en équipe
  • Capacité à travailler avec des non-informaticiens
  • Très bonne compréhension du français écrit et oral (pour interagir avec les utilisateurs)
  • Capacité à lire et comprendre la documentation en Anglais

Maîtres de stage

Laboratoire d’accueil

  • INRAE Clermont Auvergne-Rhône-Alpes, UMRT et UMR EPIA, Site de Theix,
    6312 Saint-Genès Champanelle

Directeurs d’Unité

Modalités pratiques du stage

  • Durée : 5 à 6 mois
  • Gratification : 550 €/mois
  • Le stage se déroulera sur le site INRAE de Saint-Genès Champanelle
  • Transport gratuit en car entre Clermont-Ferrand et le centre INRAE.

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Agenda

Avr
29
jeu
10 h 30 min Séminaire EIDER
Séminaire EIDER
Avr 29 @ 10 h 30 min – 12 h 30 min
Quels impacts socio-économiques de l’agriculture « écologique » à l’horizon 2030 ? Une restitution de deux enquêtes d’opinion. Par Kassoum Ayouba et Larissa Billaudet, UMR Territoires, INRAE, VetAgro Sup Sur site ou à distance –[...]
Mai
6
jeu
15 h 00 min Séminaire EIDER
Séminaire EIDER
Mai 6 @ 15 h 00 min – 16 h 30 min
WEBINAIRE Guillaume Lhermie, Professeur à l’Ecole Nationale Vétérinaire de Toulouse, Professeur associé, College of Veterinary Medicine – Directeur du Simpson Centre, Université de Calgary, nous présentera ses travaux : Economie du One Health et gouvernance[...]
Mai
7
ven
14 h 00 min Réunion des collectifs Melting e...
Réunion des collectifs Melting e...
Mai 7 @ 14 h 00 min – 17 h 00 min
    Présentation et échanges autour de 3 travaux de thèse commençant dans l’UMR. o   Rebecca Etienne – Transformations des systèmes fourragers dans une dynamique collective d’un territoire AOP : analyse et ludification des trajectoires[...]
Mai
27
jeu
10 h 30 min Séminaire EIDER
Séminaire EIDER
Mai 27 @ 10 h 30 min – 12 h 30 min
  Prise en compte des facteurs d’environnement en économie régionale : une approche bibliométriqu e sur la période 1999–2019. Par O. Aznar, VetAgro Sup, F. Aubert, Cesaer INRAE Dijon, B, Davi, VetAgro Sup, S. Truchet-Aznar,[...]
Juin
24
jeu
10 h 30 min Séminaire EIDER
Séminaire EIDER
Juin 24 @ 10 h 30 min – 12 h 30 min
    Effets socio-économiques des politiques de gestion et valorisation de la Chaîne des Puys-Faille de Limagne. Etude de la fréquentation du site et de ses effets économiques. Par Jean-Bernard Marsat, Boris Djongon, UMR Territoires,[...]