Simon Léna

Doctorante

Sujet de thèse :

Le microbiome du sol : un levier pour la régulation des agents pathogènes du blé


• Directeur de thèse : Thierry Langin (UMR GDEC),
• Co-directrice de thèse : Gaëlle Marliac (UMR GDEC)
• Co-encadrant : Benjamin Nowak (VetAgro-Sup, UMR Territoires)


• Date d’inscription en thèse : 1er décembre 2020
• Ecole doctorale : Sciences de la Vie, Santé, Agronomie, Environnement (SVSAE)
• Financement de thèse : Challenge 1 / Cap2025


 

Présentation du thème de recherche

Dans un contexte de transition agroécologique, il est important de trouver des solutions pour limiter l’utilisation d’intrants et notamment de produits phytosanitaires.

Le microbiome du sol, et particulièrement les communautés de champignons et de bactéries non pathogènes, peut constituer une solution alternative de défense des plantes. En effet, en conditions contrôlées, il a été montré que le microbiome pouvait induire une résistance systémique induite de la plante. La structure du microbiome du sol et son fonctionnement sont influencés par les pratiques agricoles. Or les liens entre les pratiques agricoles, la structure de ce microbiome, son fonctionnement et la régulation des maladies des plantes restent encore largement méconnus.

Cette thèse vise à comprendre quels sont les facteurs influençant la structure et le fonctionnement du microbiome pour la régulation des maladies du blé. A termes, cela permettra de proposer des systèmes de cultures intégrant le fonctionnement du microbiome pour la régulation des agents pathogènes.

Thématiques de recherche

  • Ecologie microbienne
  • Microbiologie du sol
  • Agroécologie
  • Agroécosystèmes
  • Santé des plantes

Terrain de recherche

  • Plaine de Limagne

Expérience professionnelle

  • Stage de 4 mois à l’Université de Colombie Britannique sur l’effet de l’introduction des cerfs sur les microorganismes procaryotes du sol dans un écosystème forestier
  • Stage de 6 mois au Centre d’Ecologie Fonctionnelle et Evolutive sur l’étude des patrons de résistance d’Escherichia coli à des stress sub-inhibiteurs