Simon Lena

Dans un contexte de transition agroécologique, il est important de trouver des solutions pour limiter l’utilisation d’intrants et notamment de produits phytosanitaires.

Le microbiome du sol, et particulièrement les communautés de champignons et de bactéries non pathogènes, peut constituer une solution alternative de défense des plantes. En effet, en conditions contrôlées, il a été montré que le microbiome pouvait induire une résistance systémique induite de la plante. La structure du microbiome du sol et son fonctionnement sont influencés par les pratiques agricoles. Or les liens entre les pratiques agricoles, la structure de ce microbiome, son fonctionnement et la régulation des maladies des plantes restent encore largement méconnus.

Cette thèse vise à comprendre quels sont les facteurs influençant la structure et le fonctionnement du microbiome pour la régulation des maladies du blé. A termes, cela permettra de proposer des systèmes de cultures intégrant le fonctionnement du microbiome pour la régulation des agents pathogènes.

• Ecologie microbienne
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• Santé des plantes

• Plaine de Limagne

• Stage de 4 mois à l’Université de Colombie Britannique sur l’effet de l’introduction des cerfs sur les microorganismes procaryotes du sol dans un écosystème forestier
• Stage de 6 mois au Centre d’Ecologie Fonctionnelle et Evolutive sur l’étude des patrons de résistance d’Escherichia coli à des stress sub-inhibiteurs